Военни режими, които са благоразположени към про-ислямски правителства, доминират националната политика на Судан, след постигане на независимост от Великобритания през 1956г. Страната е въвлечена в две продължителни граждански войни през по-голямата останала част от двадесети век. Тези конфликти се дължат на икономическата, политическата и социалната доминация на севера върху юга, сред населението на който не преобладават араби и мюсюлмани. Първата гражданска война приключва през 1972г., но нов конфликт избухва през 1983г. Втората война, както и последиците от гладуването, довеждат до изселването на 4 милиона души и според преценки на въстаниците – до смъртта на над 2 милиона души за период от две десетилетия. Мирните преговори набират сила през 2002-2004г. и биват последвани от подписването на няколко споразумения. Окончателното цялостно споразумение между Севера и Юга (CPA), подписано през януари 2005г., дава на южните въстаници автономия за 5 години. След изтичането им се предвижда провеждането на референдум, който да реши въпроса с независимостта на територията. Отделен конфликт избухва в западната провинция Дарфур през 2003г. и довежда до изселването на близо два милиона души, като става причина за смъртта на 200,000 до 400,000 души. На 31 декември 2007г. ООН поема от Африканския съюз контрола над умиротворяващите операции в Дарфур. В началото на 2009г. умиротворяващи части се борят за стабилизиране на ситуацията, която заема регионален мащаб и довежда до нестабилност в източен Чад, както и нашествия на Судан в Централноафриканската република. В Судан нахлуват и големи потоци бежанци, основно от Етиопия и Чад. Въоръженият конфликт, лошата транспортна инфраструктура и липсата на правителствена подкрепа са постоянни препятствия за предоставянето на хуманитарна помощ на засегнатото население.